Khóa III với nhiệm kỳ 3 năm kể từ ngày Đại hội 03/10/2008. Tiếp thu và phát huy những thành quả xây dựng của 2 khóa trước, Ban Chấp hành, Ban Thường trực Hiệp hội đã điều hành công tác của Hiệp hội theo Điều lệ, Nghị quyết Đại hội, Hiệp hội đã phát huy sức mạnh tập thể của BCH và các hội viên, chủ động trong hoạt động của hội, công tác Hiệp hội khóa III đã có nhiều khởi sắc.

     Ban Chấp hành Hiệp hội khóa III đã kiện toàn cơ cấu tổ chức, hoàn thiện các văn bản quy phạm của Hiệp hội: Thành lập 5 Tiểu ban chuyên môn và 6 Khu vực trực thuộc. Kiện toàn tổ chức Văn phòng Hiệp hội. Ban hành điều lệ sửa đổi bổ sung, Quy chế hoạt động của Ban Chấp hành, Ban Thường vụ, Ban Thường trực, Ban Kiểm tra khóa III. Đề ra định hướng hoạt động của Hiệp hội trong khoá III, nhiệm kỳ 2008-2011.

      Tổ chức họp Ban chấp hành 6 tháng một lần theo quy chế và tổ chức hội nghị toàn quốc các doanh nghiệp Hội viên mỗi năm một lần. Chú trọng công tác phát triển kết nạp hội viên mới, tập hợp, liên kết các doanh nghiệp thành viên hoạt động và phát triển về số lượng và chất lượng, số lượng hội viên đến nay là 105 doanh nghiệp. Các Doanh nghiệp hội viên tích cực đầu tư đổi mới phát triển doanh nghiệp, hợp tác cùng nhau tạo nên thương hiệu, sức mạnh của cộng đồng các doanh nghiệp dược Việt Nam, nâng cao giá trị và thương hiệu của thuốc Việt trên thị trường trong và ngoài nước. Tính đến đầu tháng 10/2011, trong tổng số 105 doanh nghiệp hội viên, có 83 doanh nghiệp hoạt động sản xuất, 22 doanh nghiệp hoạt động phân phối. Trong đó có 79/83 doanh nghiệp sản xuất đạt GMP, GLP-WHO; 65/105 doanh nghiệp đạt GSP.

      Hiệp hội đã làm tốt  vai trò cầu nối thường xuyên với các doanh nghiệp Hội viên, các cơ quan quản lý Nhà nước và tổ chức xã hội có liên quan, làm tốt công tác hỗ trợ các doanh nghiệp hoạt động và phát triển: Thường xuyên tham gia và  góp ý kiến với cơ quan Quản lý nhà nước trong công tác xây dựng sửa đổi bổ sung Văn bản quy phạm pháp luật trong lĩnh vực dược;  Tham gia thành viên tổ điều hành thị trường trong nước góp phần bình ổn giá thuốc ; Có ý kiến đề xuất về chính sách thuế, cơ chế hỗ trợ và giải pháp nhằm phát triển sản xuất và đẩy mạnh xuất khẩu trong tình hình kinh tế trong nước bị suy giảm; Kiến nghị một số nội dung liên quan đến hoạt động của các doanh nghiệp Dược trong nước; Tham gia giải quyết kịp thời các kiến nghị của các doanh nghiệp Hội viên.

     Hiệp hội luôn cập nhật kịp thời các thông tin của các doanh nghiệp hội viên, cung cấp các thông tin thiết yếu liên quan đến công tác quản lý, sản xuất kinh doanh dược trong nước và quốc tế trên Website của Hiệp hội. Đẩy mạnh công tác xúc tiến thương mại và hợp tác quốc tế xây dựng và triển khai các chương trình XTTM như tổ chức Hội chợ triển lãm quốc tế chuyên ngành Y- Dược thường niên, các triển lãm, hội chợ về y dược trong và ngoài nước, phối hợp với công ty truyền thông thực hiện chuỗi chương trình truyền thông kích cầu hàng nội địa với loạt chương trình về các doanh nghiệp Dược, để quảng bá cho thuốc nội, phát sóng trên kênh VTV1, VTV3, VTV9 Đài truyền hình Việt Nam năm 2010. Tổ chức đoàn Doanh nghiệp gồm 17 thành viên khảo sát thị trường dược phẩm tại nước Cộng hòa liên bang Nga và Belarus tháng 12/2010

     Các doanh nghiệp Hiệp hội đã nỗ lực tham gia công tác bình ổn giá thuốc: Trong tình hình đất nước bị lạm phát, tính chất cạnh tranh trên thị trường ngày càng quyết liệt, các chi phí đầu vào của sản xuất kinh doanh đều tăng cao, trong điều kiện hơn 90% nguyên phụ liệu cho sản xuất thuốc trong nước đều phải nhập khẩu, nhưng các doanh nghiệp đều cố gắng giữ bình ổn giá thuốc để phục vụ nhân dân. Thể hiện, trong 3 năm qua, phần lớn các doanh nghiệp tham gia đấu thầu cung ứng thuốc với mức giá dự thầu, tỷ giá tại thời điểm quý 4 năm trước, để cung ứng cho các bệnh viện trong cả năm sau, nhưng bước sang năm sau, các yếu tố đầu vào của sản xuất kinh doanh đều tăng, nhưng các doanh nghiệp vẫn cung ứng thuốc cho các bệnh viện trên toàn quốc theo giá trúng thầu đã được duyệt từ quý 4 năm trước. Hàng tháng, Hiệp hội tổng hợp các báo cáo từ các cộng tác viên trong cả nước để báo cáo Tổ điều hành thị trường trong nước- Bộ Tài chính và Cục Quản lý Dược.

     Hiệp hội thường xuyên tổ chức các lớp tập huấn GPs và cấp chứng chỉ cho các doanh nghiệp dược trong cả nước. Tư vấn xây dựng kho đạt tiêu chuẩn GSP cho một số doanh nghiệp có nhu cầu

     Tham gia một số đề tài, đề án do Bộ y tế chủ trì: Đề án Người Việt Nam ưu tiên dùng thuốc Việt Nam, Đề tài Đánh giá thực trạng  thị trường bao bì dùng trong dược phẩm tại Việt Nam, Biên tập hồ sơ 40 dược liệu có tiềm năng khai thác và phát triển thị trường v.v....

     Trong không khí phấn khởi chuẩn bị Đại hội, kết thúc nhiệm kỳ 2008-2011, bắt đầu một nhiệm kỳ mới, sau 10 năm thành lập và phát triển, Hiệp hội tự hào là nơi tập hợp đông đảo các doanh nghiệp dược hàng đầu của Việt Nam, tiên phong trong lĩnh vực nghiên cứu, bào chế, sản xuất và kinh doanh dược phẩm; cùng chung một mục tiêu hoạt động sản xuất kinh doanh hiệu quả, phục vụ cho lợi ích của cộng đồng và doanh nghiệp; xây dựng và nâng cao thương hiệu Thuốc Việt trên thị trường trong và ngoài nước, cùng đất nước hội nhập, góp phần vào sự phát triển của đất nước.